中西医结合基础学科是以中医药理论为指导，综合现代医药学理论与方法，在不断创新的过程中形成的具有中西医结合特色的新理论与新方法，研究人体结构与功能、脏象的生理生化功能，并将病-证-方进行有机结合，用现代科学技术深入研究中医中药的科学内涵的学科。2006年，中西医结合基础学科被列为学校重点学科进行建设并获硕士学位授权点，次年启动了硕士研究生的招生和培养工作。近年来，本学科在硬件建设、科学研究、队伍建设等方面取得显著发展。拥有贵州省省级实验教学示范中心1个，有贵州省中医药方证药理研究特色重点实验室、中药民族药微生物发酵与生物转化工程中心、法医中药毒理学特色重点实验室等3个省厅级重点实验室，校级2011协同创新中心1个，校级教学团队1个，贵州省教学名师2名，贵州省“千”层次创新人才6名。学科一直注重人才队伍建设，通过十多年的努力，学科队伍不断壮大，硕博比例不断增加，队伍结构不断优化，逐步形成了一支结构合理、学缘多样，具有较强创新能力和发展潜力的学术梯队。目前，学科拥有教授6人、副教授26人、讲师56人、具有博士学位者74人，硕士26人（包括在职攻读博士5人）。

学科主要依托解剖实验室、生理学实验室、生化实验室、病理实验室、中药药理实验室、微生物实验室和中医基础实验室进行教学改革和科学创新。在中医药理论的指导，立足传统中医药特色，借助现代医学先进技术，开展中西医结合基础相关的教学和科学研究，促进中西医结合事业发展。经过历代学科成员的努力，在融合中、西医基础理论和研究方法的基础上，不断完善中西医结合基础理论体系，促进中医、西医的优势互补、融会贯通，促进中医药基础研究的开拓创新，成果斐然。获贵州省教育厅教学成果二等奖1项；贵阳市技局科技进步三等奖2项；校级二等奖1项。

学科坚持“西为中用，和而不同”的理念，通过长期的坚持，现形成稳定的研究方向主要有：“中医药免疫的基础及应用研究”、“中医药防治肝病的基础研究”、“藏象”实质研究学科、“中药（民族药）药效物质基础及作用机制研究”并探索建立了“民族医药现代药理研究新理论和新方法”和“中药（民族药）与微生物发酵与转化”等新的研究方向，实现了学科交叉，本学科在病-证-方结合研究方面实力雄厚，优势明显。近五年，本学科承担家自然基金项目30项，省部级科研项目30余项，科研经费2000余万元；SCI收录论文50余篇，获得专利授权6项。